Процеса на рекомбинация, която вмъква малка ДНК молекула (обикновено чрез хомоложни рекомбинация) в по-голям един. Ако молекулите са кръгли, интеграция включва само един кръстосването; ако е линейна, след това две преминавания-над са необходими. А добре известен пример е включването на бактериофаги λ (ламбда) ДНК в E. coli геном.