Систематично наименование и номер, който идентифицира ензим в техническа литература. На възложена от ензима Комисията, номера на ЕО се състои от четири цифри, разделени с точки: първата класифицира ензим в един от шестте широки групи: 1. Оксидоредуктаза; 2. Трансферази; 3. Хидролази; 4. Лиазите; 5. Isomerases; 6. Лигазите. Всяка група е разделена на подгрупи, всяка подгрупа в sub-sub-groups и на последния номер е специфичен за ензим, например, ЕО 3.1.21.1 е deoxyribonuclease I.