Специфични нуклеотидната последователност в ДНК, която е призната от тип II ограничение endonuclease и който го прави двойноверижна нарязани. Ограничение сайтове обикновено включва четири или шест основни двойки, които обикновено са palindromic (q.v.),

например, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

две направления могат да бъдат отрязани или противоположно един на друг, за да създадете тъпи краища, или в насипно начин, дава лепкава свършва, в зависимост от участващите ензим.