Полиморфизъм (q.v.) в даден базов сайт в кодиране последователност, например, на база 306 в гена, едно лице може да бъде хетерозиготни за А и ж: майката алел може да имат А на този сайт, докато бащина алел има в този сайт. Този тип полиморфизъм е широка в целия геном и има голямо предимство, че са откриваеми без нужда от гел електрофореза, което отваря пътя за мащабни автоматизация на генотипа.