Un mètode per a la separació de molècules per explotar la seva capacitat d'unir específicament a altres molècules. Hi ha diversos tipus de cromatografia d'afinitat biològica. A molècula biològica pot ser immobilitzat i es pot enganxar una molècula més petita (lligand, q.v.,) a la qual és lligar, o el lligand més petites poden ser immobilitzat i la macromolècula enganxat a ella. A variant és utilitzar un anticòs com la molècula immobilitzat i utilitzar-lo per "captar" seus antígens: això és sovint anomenat cromatografia d'afinitat immuno. A variació és cromatografia de pseudo-afinitat, en el qual està immobilitzat un compost que és com un lligand biològica en un material sòlid, i altres proteïnes o enzims estan obligats a ella. Altres tècniques inclouen la cromatografia d'afinitat metall, on un ió de metall està immobilitzat sobre un suport sòlid: metal ions s'uneixen estretament i biomolècules específicament a molts. Ió el metall està obligat a un grup chelator o quelants, un grup químic que s'uneix específicament i molt estretament a aquell metall.