Una superfície de got petit que s'ha fixat una matriu d'ADN fragments, cadascun amb una localització definida. A de xip d'ADN típica que contenen 10 000 punts discrets (cada un conté un fragment DNA diferent) en una zona de pocs centímetres quadrats. En una solució d'ADN fluorescently Etiquetatge fragments està hibridat molt entre elles per al xip, taques que la hibridació es produeix són visibles com la fluorescència. Si les taques en el xip són gens (expressat Etiquetes seqüència, q.v.), hibridació amb cDNA des d'un teixit concret Mostra quins gens s'expressen en aquest teixit. Si les taques són curts, sintetitzar oligonucleòtids (aproximadament 25 bases) corresponent a aquesta part d'un gen que contenen un polimorfismes de nucleòtids simples (SNP)(q.v.), amb una taca separada per cadascuna de les 4 bases possibles en aquest lloc, hibridació amb ADN genòmic amb una planta individual o animal permet que individuals per ser genotyped a tants loci SNP com estan representats en el xip. El gran avantatge de xips d'ADN és la mesura que el procés de Genotipatge pot ser automatitzat, així permetent gran nombre de plantes o animals a ser genotyped per un gran nombre de loci.