Una seqüència d'aminoàcids que ha estat dissenyat en una proteïna per facilitar la seva purificació. Aquestes pot treballar de diverses maneres. L'etiqueta podria ser una altra proteïna, que s'uneix a algun altre material molt estretament i per tant la proteïna permetent a purificats per cromatografia d'afinitat (q.v.). L'etiqueta podria ser una seqüència curta d'aminoàcids, que és reconegut per un anticòs. L'anticòs llavors uneixen a la proteïna mentre que això no hauria fet així que abans. Pèptid curt un d'ells, anomenat bandera, ha estat dissenyat perquè sigui especialment fàcil fer anticossos contra d'ella. L'etiqueta podria ser uns aminoàcids, que llavors s'utilitzen com a una etiqueta química de les proteïnes. Per exemple, una cadena d'aminoàcids carregats positivament lligarà molt fortament per un filtre carregat negativament: això podria ser utilitzat com a base d'un sistema de separació. Alguns aminoàcids uneixen metalls molt fortament, especialment en parells: aquesta propietat químic poden ser explotats mitjançant un filtre amb àtoms metàl·lics químicament vinculats a ell per tirar una proteïna d'una barreja de proteïnes.