Una forma de VNTR (q.v.) en què les unitats de repetició (q.v.) solen oscil de 10 a 100 bases. Que normalment són detectades per hibridació Southern (q.v.), mitjançant una sonda que comprèn un clon de la unitat de repetició. La primera ADN empremtes digitals (q.v.) van ser minisatellites detectat d'aquesta manera. Minisatellites tendeixen a estar ubicats en els extrems dels cromosomes i en regions amb una alta freqüència de recombinació.