Una seqüència de nucleòtids - típicament compost de 4, 6 o 8 nucleòtids - que és reconeguda i per a que uneix una restricció endonuclease (enzim de restricció). De tipus II enzims de restricció (els utilitzats en experiments gen-clonació) és també la seqüència dins del qual l'enzim específicament talls (i els enzims corresponents methylate) l'ADN, és a dir, per enzims II tipus, el lloc de reconeixement i el lloc de destinació són la mateixa seqüència. Tipus I enzims s'uneixen al seu lloc de reconeixement i llavors partirà l'ADN en una posició més o menys aleatòria fora d'aquest lloc de reconeixement.