La seqüència específica de nucleòtids de l'ADN que és reconegut per un tipus II restricció endonuclease i a que es fa un tall de bicatenari. Llocs de restricció en general comprenen quatre o sis parells de bases que són típicament cap (q.v.),

p. ex., 5´GGCC3´

3´CCGG5´

les dues cadenes es pot tallar bé davant d'altres, a crear contundents extrems, o d'una manera esglaonada, donant enganxós acaba, en funció de l'enzim implicat.