Un polypeptide issu d'un gène recombinant qui contient des portions de deux ou plusieurs gènes différents. Les différents gènes sont rejoints afin que leurs séquences codantes sont dans le même cadre de lecture : l'appareil génétique lit la fusion de gènes comme un seul gène et donc produit une protéine de fusion. Aussi connu sous le nom de hybrid protéine ou protéine chimérique. Ces protéines sont utilisés :

-Ajouter une balise d'affinité à une protéine ;

-pour produire un peptide dans le cadre d'une plus grande protéine, qui est alors découpé après qu'elle a été rendue par clonage ;

-pour produire une protéine possédant les caractéristiques combinées de deux protéines naturelles ; ou

- pour produire une protéine où les deux activités différentes sont reliées physiquement.