Une forme de VNTR (q.v.) dans lequel les unités de répétition (q.v.) vont généralement de 10 à 100 bases. , Ils sont généralement détectés par hybridation Southern (q.v.), à l'aide d'une sonde comprenant un clone de l'unité de répétition. Le premier ADN empreintes (q.v.) ont des minisatellites détecté de cette façon. Minisatellites tendent à être situés aux extrémités des chromosomes et dans les régions à haute fréquence de recombinaison.