Une classe d'enzymes qui dégradent les molécules d'ADN ou d'ARN en clivant les liaisons phospho-diester qui relient les nucléotides adjacents. Dans la désoxyribonucléase (DNase), le substrat est l'ADN. Dans endonucléase, il s'attache à des sites internes dans la molécule de substrat. Exonucléase Clive progressivement de l'extrémité de la molécule de substrat. Dans la ribonucléase (RNase), le substrat est RNA. Dans le S1 nucléase, le substrat est d'ADN ou ARN simple brin. Nucléases ont des degrés de spécificité de séquence de base, le plus spécifique étant les endonucléases de restriction.