Une séquence de nucléotides - composé généralement de 4, 6 ou 8 nucléotides - ce qui est reconnu par et pour qui lie une endonucléase de restriction (enzymes de restriction). De type II des enzymes de restriction (ceux utilisés dans les expériences de clonage de gènes), c'est aussi la séquence au sein de laquelle l'enzyme coupe spécifiquement (et leurs enzymes correspondantes méthylent) l'ADN, c'est-à-dire pour les enzymes de type II, la reconnaissance et le site cible sont la même séquence. Enzymes de type I se lient à leur site de reconnaissance et puis de cliver l'ADN à une position plus ou moins aléatoire en dehors de ce site de reconnaissance.