Un terme utilisé pour décrire un processus ou une enzyme qui agit à une séquence déterminée au sein d'une molécule d'ADN ou d'ARN. Les enzymes de restriction type II sont des endonucléases spécifiques au site et la systèmes codés par certains transposons sont spécifiques au site, telles que la recombinaison est l'intégration du bactériophage dans le E. coli chromosomique.