Les conditions de réaction - notamment la température, concentrations de sels et pH - qui dictent le recuit de simple-brin ADN/ADN, ADN/ARN et hybrides ARN/ARN. à la raideur élevée, duplex forme seulement entre les brins avec la parfaite complémentarité biunivoque ; rigueur inférieur permet de recuit entre brins avec un certain décalage entre les bases.