Organického uhlíku, který tvoří biologické čerpadlo je přepravován hlavně tím, že potopí částic materiálu, například mrtvých organismů (včetně řas rohože) nebo fekální pelet. Však někteří uhlíku dosáhne hlubiny oceánu jako obsah rozpuštěného organického uhlíku (DOC) dopravou fyzické procesy jako downwelling, spíše než potápí. Čerpadlo uhlíku.