Sekvence aminokyselin, která byla naplánovaná bílkovina usnadní jeho čištění. Tyto mohou pracovat v mnoha způsoby. Tag by mohla být další protein, který váže na nějaký jiný materiál velmi pevně a tím umožňuje proteinu k vyčištění chromatografie (formy). Značka může být sekvence aminokyselin krátký, který je uznán protilátka. Protilátek by pak navázat na protein, že to tak předtím nedali. , Jeden takový krátký peptid, zvané vlajka, byl navržen tak, aby je velmi snadné vytvořit protilátky proti němu. Tag by mohlo být několik aminokyseliny, které pak slouží jako chemická značka na bílkoviny. Například řetězec aminokyselin kladně nabité bude vázat velmi silně negativně nabité filtr: to lze použít jako základ rozdělení systému. Některé aminokyseliny vázat kovy velmi silně, zejména ve dvojicích: tato chemická vlastnost lze zneužít pomocí filtru s kovové atomy chemicky vázána na něj vytáhnout protein z směs bílkovin.