Proces, při němž transposon nebo zaváděcí sekvence sám vloží do nové místo na stejném nebo jiném molekuly DNA. Přesný mechanismus není plně pochopen a různé transpozonů mohou provést různými mechanismy. Provedení v bakterií nevyžaduje rozsáhlé DNA homologie mezi transposon a cílovou DNA. Fenomén je proto označován jako nelegitimní rekombinace.