Malý skleněný povrch, na který byla stanovena pole DNA fragmentů, každý s definovanou polohu. A typické DNA čip by obsahovat 10 000 diskrétních bodů (každý obsahuje jiné fragment DNA) v oblasti jen pár cm2. Při řešení fluorescentně označené DNA fragmentů je křížený na čip, skvrny na které hybridizace dochází, jsou viditelné jako fluorescenční. -Li se skvrny na čipu jsou geny (vyjádřené sekvence značek, formy), hybridizace s cDNA z určité tkáně ukazuje, které geny jsou vyjádřeny v této tkáni. -Li se skvrny jsou krátké, syntetizován oligonukleotidů (přibližně 25 základen) odpovídající té části gen obsahující jednonukleotidové polymorfismy (SNP)(q.v.), samostatné místo pro každou ze 4 možných základny na tomto místě, hybridizace s genomovou DNA z jednotlivých rostlin nebo zvířat umožňuje, že individuální plemenitbou na tolik SNP loci jako jsou zastoupeny na čipu. Velkou výhodou DNA čipů je do míry, do které lze automatizovat proces genotypizace, tím umožňuje obrovské množství rostlin nebo zvířat plemenitbou pro obrovské množství loci.