Porovnání mapa míst genů mezi druhy. Výsledky těchto srovnání ukazují významné zachování bloků genů a dokonce i velké segmenty chromozomů mezi druhy. Velké lze využívat této ochrany mapa pozice. Například u savců, to znamená, že pokud gen byl namapován v jednom nebo obou druhů intenzivně mapované (lidé a myši), pak pravděpodobné umístění genu v jiných savců lze předpovědět s dostatečnou jistotou. Naopak, pokud mapované anonymní DNA značky má vliv na kvantitativní znak (což je orientační značky, je odkazováno na kvantitativní znak lokusu (QTL)) v, řekněme, dobytek a pak znalost komparativní mapě mezi dobytek a lidé mohou identifikovat genů homologních oblasti lidského genomu, které by mohly odpovídat QTL. Tyto geny se nazývají srovnávací poziční kandidátních genů (formy).