Nukleotidové sekvence - obvykle skládá ze 4, 6 nebo 8 nukleotidů - rozpozná a na které se váže omezení petrnamyslo (Restrikční enzymová). Typ II restrikčních enzymů (ty v experimentů klonování genů) je také pořadí, v níž enzym konkrétně škrty (a jejich odpovídající enzymy Methylují) DNA, tedy pro typ II enzymy, místo uznání a cílový web jsou stejném pořadí. Typ I enzymy vázat na jejich stránky, uznání a pak štěpit DNA v některých více či méně náhodné pozici mimo tento web uznání.