Endonucleases, které rozpoznat určité základní sekvence v rámci DNA helix, vytváří dvojí strand break DNA.

Poznámka: typ I omezení enzymy vazbu na těchto místech uznání, ale následně vyjmout DNA na různých místech. Typu II omezení enzymy vázat a snížit jejich uznání nebo cílových serverů v rámci.