Čištění odpadních vod je jedním z nejrozšířenějších biotechnologických procesů v západních společnostech, řešit obrovské množství lidských a zvířecích odpadů, které produkují takové společnosti. Odpadních vod léčebné metody se velmi liší, ale všechny mají biologický základ rozkládají organické látky v odpadních vod a převést do něčeho, co lze bezpečně vypouštěny do životního prostředí (obvykle řek nebo moře).