Polymorfismus (formy) na konkrétní základní web v kódující sekvence, např, na základnu 306 v konkrétní gen, jeden jedinec může být nositel onemocnění A a G: mateřské alely by mohl mít A na tomto místě, zatímco otcovských alel má G v tomto místě. Tento druh polymorfismus je rozsáhlá po celém genomu a má velkou výhodu, že jsou zjistitelné bez nutnosti gelovou elektroforézou, která otevírá cestu pro rozsáhlé automatizace genotypizaci.