Sada tří nulecotides, pro které neexistuje žádná odpovídající amikyselinové molekula vložit do polypeptidové řetězce aminokyselin. Proteinů syntéza je tudíž ukončena a dokončené polypeptid propuštěn z cytosolu. Tři stop kodony se nacházejí: UAA (ochre), UAG (žlutá) a Martina (opál). Mutací, které vytvářejí některou z těchto tří kodony v pozici, která obvykle obsahuje kodonu určující, aminokyseliny jsou známé jako nesmysl mutace. Stop kodony se nazývá také nesmysl kodonů.