En metode til at adskille nukleinsyre eller proteinmolekyler efter deres molekylære størrelse. Molekyler vandrer gennem matrixen inert gel under indflydelse af et elektrisk felt. For protein side, rengøringsmidler som sodium dodecyl sulphate (SDS) tilsættes ofte til at sikre, at alle molekyler har et ensartet gebyr. Sekundær struktur kan ofte føre til unormal migration af molekyler. Derfor er det almindeligt at denaturerer protein prøver ved kogning dem før side. i tilfælde af nukleinsyrer, denaturering agenter som formamid, urinstof eller methyl mercurisulfat hydroxid indgår ofte i den gel, som kan også køre ved høj temperatur. Side bruges til at adskille produkter af DNA-sekventering reaktioner og geler ansat denaturering yderst, da molekyler forskellige i størrelse af en enkelt nukleotid skal løses.