Et sæt af tre nulecotides, der er ingen tilsvarende tRNA-molekyle til at indsætte en aminosyre i polypeptid kæde. Protein syntese afsluttes dermed og det færdige polypeptid frigivet fra ribosomet. Tre stop kodon er fundet: UAA (okker), UAG (gul) og UGA (opal). Mutationer, som generer nogen af disse tre kodon i en position, som normalt indeholder et codon angiver en aminosyre er kendt som nonsens mutationer. Stop kodon kan også hedde nonsens kodon.