Et lille glasoverflade som er blevet fastsat en række DNA fragmenter, hver med et afgrænset sted. A typiske DNA chip vil indeholde 10 000 diskrete steder (hver indeholder en forskellig DNA-fragment) i et område med blot et par cm2. Når en løsning af fluorescently mærket DNA fragmenter er hybridiseret at chippen, steder som hybridisering opstår er synlig som fluorescens. Hvis steder på chippen er gener (udtrykt sequence tags, konflikten), hybridisering med cDNA fra en bestemt væv viser hvilke gener er udtrykt i dette væv. Hvis steder er korte, syntetiseret oligonukleotider (ca 25 baser) svarer til den del af et gen, der indeholder en enkelt nukleotid polymorfier (SNP)(q.v.), med en separat spot for hver af de 4 mulige baser på dette websted, hybridisering med genomisk DNA fra en enkelt plante eller dyr gør det muligt at enkelte skal genotypebestemmes på så mange SNP loci som er repræsenteret på chippen. Den store fordel af DNA-chips er det omfang, det som processen af genotypebestemmelse kan automatiseres, hvorved enorme tal i planter eller dyr skal genotypebestemmes for et stort antal loci.