Systematisk navn og nummer, som identificerer et enzym i teknisk litteratur. Tildelt enzym, som Kommissionen EF-nummeret består af fire tal adskilt af punktummer: først klassificerer enzymet i en af de seks overordnede grupper: 1. Oxidoreductase; 2. Transferaser; 3. Hydrolaser; 4. Lyaser; 5. Isomeraser; 6. Ligases. Hver gruppe opdeles i undergrupper, hver undergruppe til sub-sub-groups, og det sidste tal er specifikke for enzymet, fx EF 3.1.21.1 er deoxyribonuclease jeg.