En metode til at adskille molekyler ved at udnytte deres evne til at binde specifikt til andre molekyler. Der findes flere typer af biologiske affinitet kromatografi. A biologiske molekyle kan være immobiliseret og et mindre molekyle (ligand, konflikten,) som det er at binde kan blive holdt sig til det, eller den mindre ligand kan være immobiliseret og makromolekyle fast på det. A variant er at bruge et antistof som immobiliseret molekylet og bruge det til at "fange" sin antigen: Dette kaldes ofte immuno-affinitet kromatografi. A variation er pseudo affinitet kromatografi, hvor et stof, som er ligesom en biologisk ligand er immobiliseret på et solidt materiale, og enzymer eller andre proteiner er bundet til det. Andre teknikker omfatter metal affinitet kromatografi, hvor en metal-ion er immobiliseret på en solid støtte: metal ioner bindes stramt og specifikt til mange biomolekyler. Metal-ion er bundet til en chelator eller chelaterende group, en kemisk gruppe, der bindes specifikt og ekstremt tæt til dette metal.