En teknik, der identificerer overlappende klonede DNA fragmenter at form en kontinuerlig segment af et kromosom. Disse fragmenter kan genereres enten ved tilfældige klipning eller ved delvis fordøjelse med en fire-basepar kutter som Sau 3A. En række koloni hybridizations derefter udføres, starter med nogle klonede fragment som er allerede blevet identificeret og som er kendt for at være i området omfattet af de overlappende kloner. Denne identificerede Fragmentets bruges som en sonde til at udvælge kloner indeholdende tilstødende sekvenser. Disse bruges derefter som sonder sig selv til at identificere kloner transporterer sekvenser støder op til dem og så videre. På hver runde af hybridisering, en "ture" yderligere langs kromosom fra den oprindelige fragment.