Et polypeptid, der er fremstillet af en rekombinant gen, der indeholder dele af to eller flere forskellige gener. De forskellige gener er sat sammen, så deres kodning sekvenser er i den samme ramme, læsning: den genetiske apparater læser gen fusion som et enkelt gen, og så producerer en fusion protein. Også kendt som hybrid protein eller kimære protein. Disse proteiner er brugt:

-til at tilføje en affinitet tag til et protein;

-at producere et peptid som del af en større protein, som er derefter skåret op, efter det er blevet gjort af kloning;

-til at producere et protein med to naturlige proteiner; eller

- til at producere en protein, hvor to forskellige aktiviteter er fysisk forbundet med kombinerede egenskaber.