En nucleotidsekvensen - består typisk af 4, 6 eller 8 nukleotider - der er anerkendt af og til som en begrænsning liv1975 (begrænsning enzym) binder. For type II-restriktionsenzymer, (dem, der anvendes i gen-kloning eksperimenter) det er også den sekvens hvor enzymet specifikt skærer (og deres tilsvarende enzymer methylate) DNA, dvs., for type II enzymer, webstedet anerkendelse og målwebstedet er den samme sekvens. Type I enzymer binder sig til deres genkendelsessekvens og derefter kløver DNA på nogle mere eller mindre tilfældige holdning at genkendelsessekvens.