Eine Deoxynucleotide, die eine 3´-Hydroxyl-Gruppe fehlt, und ist somit nicht in der Lage, die 3´-5´ Phospho-Diester Anleihe für die Dehnung der Kette bilden. Di-Deoxynucleotides werden in die DNA-Sequenzierung und die Behandlung von Viruserkrankungen eingesetzt. Manchmal auch als DidN bezeichnet.