Ένα ένζυμο που υποβαθμίζει συγκεκριμένα RNA ή single-λανθάνον DNA να 5´ mononucleotides. Καθαρισμένη από τα νηματοειδή μύκητα Aspergillus oryzae, S ₁ νουκλεάσης χρησιμοποιείται αξιολογώντας το κατά πόσο μιας αντίδρασης υβριδοποίηση καταργώντας unpaired περιοχές. Χρησιμοποιείται επίσης για να αφαιρέσει τα κολλώδη άκρα των τεμαχίων περιορισμού. Σε S ₁ χαρτογράφηση, η κωδική περιοχή του γονιδίου ανιχνεύεται από την εκτέλεση του mRNA DNA υβριδισμός και αφαίρεση unpaired DNA με S ₁ νουκλεάσης.