Μια ακολουθία αμινοξέος που έχει σχεδιαστεί σε μια πρωτεΐνη για να διευκολύνει τον καθαρισμό της. Αυτά μπορεί να λειτουργήσει σε μια σειρά από τρόπους. Η ετικέτα θα μπορούσε να είναι μια άλλη πρωτεΐνη, η οποία συνδέεται με κάποιο άλλο υλικό πολύ στενά και έτσι επιτρέπει την πρωτεΐνη για να καθαριστεί από τη χρωματογραφία συγγένειας (q.v.). Η ετικέτα θα μπορούσε να είναι μια ακολουθία σύντομη αμινοξύ, το οποίο αναγνωρίζεται από ένα αντίσωμα. Το αντίσωμα θα στη συνέχεια να συνδεθούν με την πρωτεΐνη ότι δεν θα έχουν γίνει τόσο πριν. Ένα τέτοιο μικρό πεπτίδιο, ονομάζεται ΣΗΜΑΊΑ, έχει σχεδιαστεί ώστε να είναι ιδιαίτερα εύκολο να κάνουν τα αντισώματα ενάντια σε το. Η ετικέτα θα μπορούσε να είναι λίγα αμινοξέα, τα οποία στη συνέχεια χρησιμοποιούνται ως μια χημική tag στην πρωτεΐνη. Για παράδειγμα, μια σειρά από θετικά φορτισμένο αμινοξέα θα συνδεθούν πολύ έντονα με ένα αρνητικά φορτισμένο φίλτρο: αυτό θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως βάση για ένα σύστημα διαχωρισμού. Ορισμένα αμινοξέα δεσμεύοντας μέταλλα πολύ έντονα, ειδικά σε ζεύγη: χημική αυτή η ιδιότητα μπορεί να αξιοποιηθούν χρησιμοποιώντας ένα φίλτρο με μεταλλικά άτομα που συνδέονται χημικώς πάνω σ ' αυτό, να τραβήξει μια πρωτεΐνη από ένα μίγμα πρωτεϊνών.