Μια τεχνική που επιτρέπει σε δύο τμήματα της διπλής όψης DNA που χωρίζονται από χιλιάδες ζευγάρια βάσεων (περίπου 200 kb) που θα κλωνοποιηθεί μαζί. Μετά τις υπο--κλωνοποίησης, κάθε τμήμα μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως έλεγχος για τον εντοπισμό των κλωνοποιημένων ακολουθιών DNA που, σε επίπεδο χρωμοσωμάτων, είναι περίπου 200 kb χώρια.