1. Ένα από ένα ζευγάρι νουκλεοτιδίου βάσεις που σχηματίζουν δεσμούς υδρογόνου με το άλλο. Ζεύγη αδενίνη (A) με τη θυμίνη (T) (ή με την ουρακίλη (U) σε RNA), και ζευγάρια γουανίνη (G) με την κυτοσίνη (C).

2. Ένα από ένα ζευγάρι των τμημάτων ή των σκελών των νουκλεϊκών οξέων που θα hydridize (ενταχθούν η δεσμοί υδρογόνου) με το άλλο.