Μια πρωτεΐνη που αναγνωρίζει συγκεκριμένες, μικρές ακολουθίες νουκλεοτιδίων και κόβει το DNA σε αυτές τις θέσεις. Τα βακτήρια διαθέτουν πάνω από 400 τέτοια ένζυμα που αναγνωρίζουν και κόβουν πάνω από 100 διαφορετικές αλληλουχίες DNA.

Δείτε επίσης: θέση αναγνώρισης ενζύμου περιορισμού.