Ένα μικρό ποτήρι επιφάνεια στην οποία έχει καθοριστεί μια σειρά από DNA τεμάχια, καθένα με μια καθορισμένη θέση. Α τυπικό τσιπ DNA θα περιέχει 10 000 διακριτά σημεία (καθεμία περιέχει μια διαφορετική τεμάχιο DNA) σε μια περιοχή σε λίγα τετραγωνικά εκατοστά. Όταν μια λύση του DNA σεσημασμένο επισημασμένων θραύσματα είναι υβριδοποιημένα το τσιπ, τα σημεία στα οποία υβριδοποίησης παρουσιάζεται είναι ορατά ως φθορισμού. Αν είναι τα σημεία σχετικά με το τσιπ γονιδίων (εξέφρασε την ακολουθία Ετικέτες, q.v.), υβριδοποίηση με cDNA από ένα συγκεκριμένο ιστό δείχνει ποια γονίδια εκφράζονται σε εκείνο τον ιστό. Αν τα σημεία είναι σύντομη, σύνθεση oligonucleotides (περίπου 25 βάσεις) αντιστοιχεί σε εκείνο το μέρος ενός γονιδίου που περιέχουν μια ενιαία πολυμορφισμοί νουκλεοτιδίου (SNP)(q.v.), με ένα ξεχωριστό σημείο για κάθε ένα από τα 4 πιθανές βάσεις στο χώρο, υβριδοποίηση με genomic DNA από μια αυτόνομη μονάδα ή ζώων επιτρέπει ότι μεμονωμένα και να υποβάλλονται σε γονοτυπική ανάλυση σε όσες SNP loci ως εκπροσωπούνται στο τσιπ. Το μεγάλο πλεονέκτημα των μικροκυκλωμάτων DNA είναι ο βαθμός στον οποίο η διαδικασία γονοτυπικές αναλύσεις μπορούν να αυτοματοποιηθούν, επιτρέποντας τεράστιους αριθμούς φυτών και ζώων, να υποβάλλονται σε γονοτυπική ανάλυση για έναν τεράστιο αριθμό των loci.