Ένας τύπος του δείκτη του DNA, που δημιουργούνται από την πέψη των genomic DNA με τα δύο ένζυμα περιορισμού για τη δημιουργία πολλών τεμαχίων DNA, απολίνωση των συγκεκριμένων ακολουθιών του DNA (που ονομάζεται προσαρμογείς) έως τα άκρα των αυτά τα τεμάχια, ενίσχυση των θραυσμάτων μέσω PCR (χρησιμοποιώντας ένα σύνολο αστάρια με ακολουθίες, που αντιστοιχούν σε τους προσαρμογείς, καθώς και διάφορους συνδυασμούς τυχαία από τρεις πρόσθετες βάσεις στο τέλος), και την απεικόνιση των θραύσματα μέσω ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων. Η PCR θα ενισχύσει οποιοδήποτε τμήμα η του οποίου ακολουθία συμβαίνει να αρχίσει με οποιαδήποτε από τις τρεις-βάση ακολουθίες στο σύνολο των εγχυτήρων. AFLPs έχει το σημαντικό πλεονέκτημα που μπορεί να είναι πολλοί δείκτες που δημιουργούνται με σχετικά λίγη προσπάθεια. Είναι ένα πολύ χρήσιμο μέσο για την ποσοτικοποίηση το βαθμό της γενετικής ποικιλομορφίας εντός και μεταξύ των πληθυσμών. Σημαντικό μειονέκτημα τους είναι ότι δεν είναι ειδικά για μια συγκεκριμένη θέση και, επειδή είναι σημείωσε ως την παρουσία ή την απουσία μιας ζώνης, ετεροζυγωτών δεν μπορεί να διακριθεί από homozygotes, δηλαδή, που είναι κληρονόμησαν με κυρίαρχο τρόπο.