Μια τεχνική που προσδιορίζει την επικάλυψη κλωνοποιημένο DNA θραύσματα ότι μορφή ένα συνεχή τμήμα ενός χρωμοσώματος. Αυτά τα τεμάχια μπορούν να παραχθούν από τυχαία κουρά ή μερική πέψη με ένα κόφτη τέσσερις-βάση-ζευγάρι όπως Sau 3α. Μια σειρά της αποικίας υβριδισμοί παραγγελιοληψίας, ξεκινώντας από κάποια κλωνοποιημένα θραύσμα που έχει ήδη προσδιοριστεί και που είναι γνωστό ότι είναι στην περιοχή που καλύπτονται από επικαλύψεις κλώνων. Χρησιμοποιείται αυτό το τεμάχιο προσδιορισμένες όπως ένα καθετήρα να ξεχωρίσω κλώνους που περιέχουν ακολουθίες δίπλα. Αυτά στη συνέχεια χρησιμοποιούνται ως τους ελέγχους για τον εντοπισμό των κλώνων που μεταφέρουν ακολουθίες δίπλα σε αυτά, και ούτω καθεξής. Σε κάθε γύρο της υβριδοποίησης ένα "βόλτες" περαιτέρω κατά μήκος το χρωμόσωμα από το αρχικό κομμάτι.