Ένα είδος ενδονουκλεάσεων περιορισμού ΙΙ που δεσμεύει (και στη συνέχεια να διασπά) DNA σε τοποθεσίες που περιέχουν μια ακολουθία των τεσσάρων ζευγών νουκλεοτιδίων που αναγνωρίζεται μοναδικά από το ένζυμο. Επειδή οποιαδήποτε ακολουθία τέσσερις βάσεις εμφανίζεται συχνότερα κατά τύχη από οποιαδήποτε ακολουθία έξι βάσεις, τέσσερις-βάση κόπτες διασπαστούν συχνότερα από ό, τι έξι-βάση κοπής. Έτσι, τέσσερα-βάση κόπτες δημιουργήσετε μικρότερα κομμάτια από έξι-βάση κοπής.