Μια κατηγορία των ενζύμων που θα υποβαθμίσει τα μόρια DNA ή RNA με τη διάσπαση των δεσμών phospho-διεστέρας που συνδέουν τα γειτονικά νουκλεοτίδια. Σε deoxyribonuclease (DNase), το υπόστρωμα είναι DNA. Στο ένζυμο αυτό διασπά σε των εσωτερικών χώρων, το μόριο του υποστρώματος. Exonuclease διασπά σταδιακά από το τέλος του το μόριο του υποστρώματος. Σε ριβονουκλεάσης (RNase), το υπόστρωμα είναι RNA. Σε η S1 νουκλεάσης, το υπόστρωμα είναι single-λανθάνον DNA ή RNA. Νουκλεάσες έχουν ποικίλους βαθμούς βάση-ακολουθία ιδιομορφία, το πιο συγκεκριμένο να το ενδονουκλεάσες περιορισμού.