Προσθήκη ένα ένζυμο περιορισμού σε ένα DNA δείγμα υπό ιδιαίτερες συνθήκες ή για περιορισμένο χρονικό διάστημα, έτσι ώστε μόνο ένα μέρος από τις περιοχές του στόχου σε κάθε επιμέρους μόριο είναι σχισμένα. Μερική πέψης εκτελούνται συχνά να δώσει μια επικάλυψη συλλογή των τεμαχίων DNA για χρήση στην κατασκευή μιας τράπεζας γονίδιο.