Ένα είδος ενδονουκλεάσεων περιορισμού ΙΙ που δεσμεύει (και στη συνέχεια να διασπά) DNA σε τοποθεσίες που περιέχουν μια ακολουθία έξι ζευγών νουκλεοτιδίων που αναγνωρίζεται από το ένζυμο μοναδικά. Επειδή κάθε έξι βάσεις ακολουθία λιγότερο συχνά κατά τύχη από οποιαδήποτε ακολουθία τέσσερις βάσεις, έξι-βάση κόπτες διασπαστούν λιγότερο συχνά από ό, τι τέσσερις-βάση κοπής. Έτσι, έξι-βάση κόπτες δημιουργήσει μεγαλύτερο θραύσματα από τέσσερις-βάση κοπής.