Una superficie de vidrio pequeño al que se ha fijado una serie de ADN fragmentos, cada uno con una ubicación definida. A chip de DNA típico contendría 10 000 puntos discretos (cada uno contiene un fragmento de ADN diferente) en un área de pocos centímetros cuadrados. Cuando una solución de ADN marcado con fluorescencia fragmentos es cruzado por hibridación al chip, lugares a los que se produce la hibridación son visibles como fluorescencia. Si las manchas en el chip son los genes (expresó etiquetas de secuencia, q.v.), hibridación con ADNc a partir de un tejido particular muestra que los genes se expresan en ese tejido. Si las manchas son cortas, sintetizar oligonucleótidos (aproximadamente 25 bases) correspondiente a esa parte de un gen que contienen un polimorfismos de nucleótido simple (SNP)(q.v.), con un lugar separado para cada uno de los 4 posibles bases en ese sitio, hibridación con el ADN genómico de una planta individual o animal permite que individual a ser genotipados en tantos lugares geométricos SNP como están representados en el chip. La gran ventaja de chips de ADN es la medida de lo que se puede automatizar el proceso de genotipificación, permitiendo que enormes cantidades de plantas o animales a ser genotipados para un gran número de loci.