Un método para separar moléculas por explotar su capacidad de unirse específicamente a otras moléculas. Existen varios tipos de cromatografía de afinidad biológica. A molécula biológica puede ser inmovilizado y una molécula más pequeña (ligando, q.v.,) que es enlazar puede ser pegada a él, o el ligando más pequeño puede ser inmovilizado y la macromolécula pegado a él. Variante de A es utilizar un anticuerpo como la molécula inmovilizada y usarlo para "capturar" sus antígenos: esto se denomina cromatografía de afinidad inmuno. A la variación es cromatografía de afinidad pseudo, en el cual un compuesto que es como un ligando biológico es inmovilizado en un material sólido, y las enzimas u otras proteínas están obligados a ello. Otras técnicas como la cromatografía de afinidad metálica, donde un ion de metal está inmovilizado en un soporte sólido: metal los iones se unen firmemente y específicamente a muchas biomoléculas. El metal ion está enlazado a un grupo quelante o quelantes, un grupo químico que se une específicamente y extremadamente firmemente a ese metal.