Una secuencia de aminoácidos que ha sido diseñada en una proteína para facilitar su purificación. Estos pueden trabajar en un número de maneras. La etiqueta podría ser otra proteína, que se une a otro material muy fuertemente y así permitir la proteína para ser purificada mediante cromatografía de afinidad (q.v.). La etiqueta podría ser una secuencia corta de aminoácidos, que es reconocida por un anticuerpo. El anticuerpo luego ataría a la proteína mientras que no lo habría hecho antes. Péptido corto uno de ellos, llamado bandera, ha sido diseñado para que es particularmente fácil hacer anticuerpos contra él. La etiqueta podría ser unos pocos aminoácidos, que luego son utilizados como una etiqueta de química de la proteína. Por ejemplo, una cadena de aminoácidos cargados positivamente se unirá muy fuertemente a un filtro cargado negativamente: esto podría ser utilizado como la base de un sistema de separación. Algunos aminoácidos se unen metales muy fuertemente, sobre todo en pares: esta característica química puede ser explotado mediante un filtro con átomos metálicos químicamente ligados a él para tirar de una proteína de una mezcla de proteínas.